Utilisation de l'extension ToolUniverse dans Claude

Le MCP ToolUniverse permet à Claude d'accéder à une bibliothèque de plus de 600 outils scientifiques vérifiés pour explorer de grands espaces d'hypothèses, comparer des hypothèses concurrentes et effectuer des cycles d'analyse rapides à lents. Cet article explique comment configurer et utiliser l'intégration ToolUniverse avec Claude.

L'intégration ToolUniverse est disponible sous forme d'extension de bureau dans l'application de bureau Claude (téléchargez ici) et elle dépend de la capacité de Claude à utiliser des connecteurs locaux via une extension de bureau.

À propos de l'intégration de ToolUniverse

ToolUniverse est un écosystème pour créer des scientifiques IA et des agents IA pour la science qui travaillent avec des chercheurs pour générer des hypothèses, les transformer en plans de recherche exécutables, exécuter des outils scientifiques et mettre à jour en continu des analyses. Il cible la recherche à grande échelle pour réinventer la découverte scientifique : les scientifiques de l'IA explorent de grands espaces d'hypothèses, comparent des hypothèses concurrentes et itèrent à travers des cycles d'analyse rapides à lents au lieu de produire des résumés ponctuels.

ToolUniverse standardise l'utilisation des outils. Il permet aux scientifiques IA de découvrir et d'exécuter des outils via des fonctions Python locales et des services distants desservis via MCP. Cette conception rend chaque étape inspectable : les scientifiques de l'IA composent des flux de travail de bout en bout qui connectent des jeux de données, des modèles et des pipelines d'analyse, et enregistrent les entrées et les sorties avant de choisir l'action suivante. Dans le cadre de la collaboration entre l'humain et l'IA, ToolUniverse prend en charge un cycle continu de génération d'hypothèses, d'appels d'outils de recherche d'informations, d'exécution d'objectifs de recherche et de perfectionnement des modèles internes à mesure que de nouvelles données expérimentales arrivent et que des informations sont générées.

Ensembles de données et services disponibles dans cette intégration

Avertissement de ToolUniverse : ToolUniverse fournit un accès à des bases de données et à des services scientifiques tiers. Tous les droits d'auteur et droits de propriété intellectuelle pour les données, le contenu et les services répertoriés ci-dessous appartiennent à leurs sources et propriétaires d'origine respectifs. ToolUniverse agit uniquement comme une plateforme d'intégration et n'assume aucune responsabilité de la précision, de l'exhaustivité ou de la disponibilité continue de ces ressources externes.

ToolUniverse fournit un accès à un écosystème complet de ressources scientifiques :

Bases de données biologiques et modèles de bases biologiques

• UniProt - Base de connaissances complète sur les protéines
• Ensembl - Données génomiques et annotations
• RCSB PDB - Base de données de structures de protéines
• ChEMBL - Base de données de molécules bioactives et de découverte de médicaments
• Bases de données NCBI - GenBank, RefSeq, base de données SNP
• Ontologie des gènes - Annotations de processus biologiques, de fonction et de localisation
• ESM - Modèles de langage des protéines
• TranscriptFormer - Modèles de base à une seule cellule

Bases de données chimiques et de médicaments

• PubChem - Structures chimiques et activités biologiques
• DrugBank - Base de données de médicaments et de médicaments cibles
• ChEMBL - Petites molécules bioactives ressemblant à des médicaments
• Bases de données FDA - Approbation de médicaments, informations de prescription de médicaments, événements indésirables, indications et contre-indications médicamenteuses, interactions médicamenteuses
• ClinicalTrials.gov - Informations sur les essais cliniques

Littérature et bases de connaissances

• PubMed - Base de données de littérature biomédicale
• Semantic Scholar - Analyse de la littérature alimentée par l'IA
• Europe PMC - Littérature biomédicale en accès ouvert
• OpenAlex - Base de données complète de travaux savants
• Crossref - Enregistrement DOI et métadonnées
• OpenTargets - Informations pour la sélection systématique de cibles médicamenteuses

Données génomiques et de santé

• GTEx - Expression génique spécifique à un tissu
• Catalogue GWAS - Études d'association à l'échelle du génome
• ClinVar - Variation génétique et relations entre les maladies
• OMIM - Héritage mendélien en ligne chez l'homme
• TCGA - Données génomiques du cancer

Outils de recherche et API

• OpenTargets - Associations cible-maladie
• STRING - Réseaux d'interaction protéine-protéine
• KEGG - Informations sur les voies d'accès et la maladie
• Reactome - Base de données de voies biologiques
• InterPro - Familles et domaines de protéines

Modèles d'IA, agents IA, modèles de base et génératifs, visualisations et flux de travail scientifiques

• AlphaFold - Prédiction de la structure des protéines
• BLAST - Recherche de similarité de séquences
• ADMET-AI - Modèles de prédiction des propriétés de médicaments
• ChemTools - Utilitaires d'informatique chimique
• Outils de visualisation - Visualisation moléculaire et de données

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Qui doit utiliser l'intégration ToolUniverse

Scientifiques de recherche et universitaires

Accélérez la génération d'hypothèses, automatisez les revues documentaires, effectuez des analyses complexes sur plusieurs bases de données et adaptez vos capacités de recherche aux plateformes expérimentales et de collaboration entre l'IA et l'humain.

Entreprises pharmaceutiques et biotechnologiques

Rationalisez les pipelines de développement de médicaments, améliorez l'identification des cibles, améliorez la conception et l'optimisation de composés, le criblage virtuel des médicaments et accélérez la génération de rapports et l'évaluation des cibles, la réduction des risques et la validation.

Organismes de santé

Alimentez les initiatives de médecine de précision, soutenez la conception d'essais cliniques et l'optimisation avec la sélection des patients, facilitez la recherche pharmacogénomique et améliorez les stratégies de stratification des patients, extrayez le pronostic et les biomarqueurs prédictifs à partir de jeux de données de santé multimodaux.

Scientifiques de données, ingénieurs ML, ingénieurs plateforme et infrastructure

Accès à des outils spécifiques à un domaine sans développement personnalisé, prototypage rapide d'agents IA pour la science et intégration de données scientifiques dans des flux de travail ML.

Agences gouvernementales et de réglementation

Prise de décision réglementaire améliorée, analyse des événements indésirables améliorée, processus d'approbation de médicaments accélérés et surveillance complète de la sécurité.

Qui peut accéder à l'intégration ToolUniverse

ToolUniverse est open source sous licence Apache 2.0, permettant un accès gratuit à toutes les fonctionnalités de ToolUniverse. Le code source est disponible sur GitHub.

Vous trouverez plus de détails sur l'accès à l'intégration dans la documentation du serveur MCP de ToolUniverse.

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Configuration de l'intégration ToolUniverse

L'intégration ToolUniverse est disponible sous forme d'extension de bureau dans l'application de bureau Claude (téléchargez ici). Pour les propriétaires d'organisation (Team et Enterprise), la configuration de l'intégration implique de rendre l'extension disponible à votre organisation. Pour les utilisateurs individuels, la configuration de l'intégration implique d'installer l'extension depuis l'application de bureau Claude.

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Pour les propriétaires d'organisation (Team et Enterprise)

Si votre organisation utilise la liste des autorisations d'extensions de bureau (c'est-à-dire qu'elle limite les utilisateurs des extensions de bureau auxquelles ils peuvent accéder)...

1. Accédez à Paramètres d'administration > Connecteurs
2. Cliquez sur l'onglet « Bureau » en haut
3. Confirmez que la « Liste des autorisations » est activée
4. Cliquez sur le bouton « Parcourir »
5. Dans le champ de recherche, tapez « ToolUniverse »
6. Cliquez sur ToolUniverse
7. Cliquez sur « Ajouter à votre équipe »
8. Demandez à votre équipe de télécharger l'application de bureau Claude pour accéder à l'intégration en suivant les instructions ci-dessous pour les utilisateurs individuels de Claude

Si votre organisation n'utilise pas la liste d'autorisations des extensions de bureau (c'est-à-dire qu'elle ne limite pas les extensions de bureau auxquelles les utilisateurs peuvent accéder)...

1. Accédez à Paramètres d'administration > Connecteurs
2. Cliquez sur l'onglet « Bureau » en haut
3. Confirmez que la « Liste des autorisations » a été désactivée
4. Si la liste des autorisations est désactivée, tous les utilisateurs de votre organisation peuvent déjà accéder au répertoire Extensions de bureau à l'aide des instructions ci-dessous pour les utilisateurs individuels de Claude

Pour les utilisateurs individuels de Claude

1. Télécharger l'application de bureau Claude
2. Dans l'application de bureau Claude, accédez à Paramètres > Extensions
3. Cliquez sur « Parcourir les extensions »
4. Cliquez sur « ToolUniverse »
5. Cliquez sur « Installer »

Découvrez comment installer des extensions de bureau à partir du répertoire.

Pour les utilisateurs de Claude Code

1. Commande : /plugin marketplace add anthropics/life-sciences
2. Commande : /plugin install tool-universe@life-sciences
3. Redémarrez Claude Code
4. Vérifiez que le serveur est connecté à /mcp

Vous trouverez les détails techniques de l'intégration de ToolUniverse dans la documentation du serveur MCP de ToolUniverse.

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Exemples de cas d'usage

Découverte de médicaments et développement thérapeutique

• Découverte thérapeutique et processus de sélection des cibles et des candidats
• Exemple de requête : « Identifiez des cibles d'hypercholestérolémie, priorisez-en une à l'aide des preuves d'OpenTargets et de la littérature, puis sélectionnez les médicaments connus et les analogues fermés, et classez les candidats en fonction de la liaison prédite et des compromis ADMET. Fournissez des preuves intermédiaires et une liste finale restreinte. »
• Flux de travail : scientifiques IA alimentés par ToolUniverse :
  
  • Interrogez des associations entre maladies et -cibles à l'aide de l'API OpenTargets
  • Récupérez des structures de protéines de RCSB PDB
  • Analysez les interactions moléculaires avec les données de composés ChEMBL
  • Prévoyez les affinités de liaison à l'aide de modèles ML intégrés
  • Générez des hypothèses de recherche pour le développement thérapeutique

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Recherche en génétique humaine et génomique

• De la génétique humaine au mécanisme (variant-gène-voie métabolique)
• Exemple de requête : « À partir des gènes GWAS pour le diabète de type 2, cartographier les variants aux gènes candidats, résumez les annotations fonctionnelles et l'expression tissulaire, et rendez des voies enrichies avec des références justificatives et des liens vers des sources principales. »
• Flux de travail : scientifiques IA alimentés par ToolUniverse :
  
  • Recherchez des variants génétiques associés aux maladies dans le catalogue GWAS
  • Mappez des SNP à des gènes à l'aide des bases de données Ensembl et NCBI
  • Récupérez des annotations fonctionnelles à partir de Gene Ontology
  • Analysez l'expression spécifique à un tissu à l'aide de données GTEx
  • Identifiez les voies biologiques à l'aide de KEGG et Reactome

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Littérature et synthèse de preuves multimodale

• Exemple de requête : « Recherchez des méthodes récentes de détection hors cible CRISPR dans PubMed et Europe PMC, extrayez les paramètres expérimentaux clés et les modes d'échec rapportés, et produisez un tableau de comparaison structuré avec des citations. »
• Flux de travail : scientifiques IA alimentés par ToolUniverse :
  
  • Recherches documentaires dans plusieurs bases de données (PubMed, Europe PMC, bioRxiv)
  • Résumé automatisé de documents et extraction des résultats clés
  • Analyse de réseau de citation à l'aide de Semantic Scholar
  • Identification des tendances grâce à une analyse temporelle
  • Références croisées avec les données d'essais cliniques de ClinicalTrials.gov

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Analyse chimique et moléculaire

• Exemple de requête : « À l'aide des outils OpenFDA et ADMET-AI de ToolUniverse, analysez les propriétés moléculaires de médicaments approuvés par la FDA pour l'hypertension, prédisez leurs profils ADMET et identifiez des modèles d'effets secondaires potentiels. »
• Flux de travail : scientifiques IA alimentés par ToolUniverse :
  
  • Interrogez les bases de données de médicaments FDA pour trouver des médicaments approuvés
  • Calcul de descripteurs et propriétés moléculaires
  • Prédisez les profils pharmacocinétiques à l'aide des modèles ADMET-AI
  • Analysez les relations structure-activité
  • Identifiez les opportunités potentielles de reconversion de médicaments

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Découverte scientifique et automatisation pour les études multi-outils

• Exemple de requête : « Créez un flux de travail réutilisable qui effectue plusieurs recherches documentaires en parallèle, consolide les résultats et produit un rapport reproductible. Renvoyez le flux de travail sous forme d'outil composé avec des entrées et des sorties claires. À l'aide des outils de voie UniProt, PRIDE et KEGG de ToolUniverse, concevez un flux de travail protéomique complet : de l'identification de protéines à l'aide des données de spectrométrie de masse à l'analyse fonctionnelle et à la cartographie des voies. »
• Flux de travail : scientifiques IA alimentés par ToolUniverse :
  
  • Intégrez des bases de données protéomiques multimodales (UniProt, PRIDE)
  • Automatisez le traitement des données et le contrôle de la qualité des lectures protéomiques
  • Annotez les fonctions de protéines et effectuez une analyse de voies
  • Terminez des analyses statistiques et générez des visualisations interactives
  • Générez des rapports avec des résumés

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Démonstrations et documentation

Démonstrations en direct

• Plate-forme Web interactive : AIScientist.Tools - Interface de découverte et d'exécution d'outils en direct pour explorer plus de 700 outils scientifiques
• Démonstrations vidéo : disponible sur YouTube
• GitHub Repository : ToolUniverse sur GitHub - Code source, documentation et communauté complets avec plus de 797 étoiles

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Documentation et didacticiels

La documentation est disponible à Documentation ToolUniverse couvrant l'installation, l'utilisation et les fonctionnalités avancées, notamment un didacticiel de démarrage rapide pour une configuration de 5 minutes et une expérimentation immédiate avec des outils scientifiques, ainsi que des guides d'intégration à de grands modèles linguistiques, des agents IA et des modèles de raisonnement.

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Ressources communautaires

Accédez aux ressources communautaires via notre communauté Slack pour le support entre pairs et la collaboration, et Problèmes GitHub pour signaler des bugs et demander des fonctionnalités.