Claude で ToolUniverse 拡張機能を使用

ToolUniverse MCP により、Claude は 600 以上の厳選された科学ツールのライブラリにアクセスし、広範な仮説空間の探索、競合する仮説の比較、高速から低速への分析サイクルを介した反復処理を実行します。この記事では、Claude と ToolUniverse の統合の設定および使用方法を説明します。

ToolUniverse 統合は、Claude デスクトップアプリ（こちらからダウンロード）のデスクトップ拡張機能として利用できます。この機能は、デスクトップ拡張機能を介してローカルコネクタを使用する Claude の能力に依存しています。

ToolUniverse 統合について

ToolUniverse は、科学分野における AI 科学者と AI エージェントを構築するためのエコシステムです。研究者と連携し、仮説の生成、実行可能な研究計画への変換、科学ツールの実行、分析の継続的な更新を行います。大規模な研究を対象とし科学的発見を再構築します。AI 科学者は広範な仮説空間の探索、競合する仮説の比較、一度限りの概要を作成する代わりに、高速から低速への分析サイクルを介した反復処理を実行します。

ToolUniverse はツールの使用を標準化します。AI 科学者は、ローカルの Python 関数や MCP を介して提供されるリモートサービスを通じてツールを検出して実行することができます。この設計により、すべてのステップが検査可能になります。AI 科学者はデータセット、モデル、分析パイプラインを接続するエンドツーエンドのワークフローを構築し、入力と出力を記録して次の操作を選択します。人間と AI のコラボレーションにおいて、ToolUniverse は仮説の生成、情報探索のためのツール呼び出し、研究目標の実行、そして新たな実験データの取得と洞察の生成に伴う内部モデル改善の継続的なサイクルを支援します。

この統合で利用可能なデータセットとサービス

ToolUniverse の免責事項：ToolUniverse はサードパーティの科学データベースおよびサービスへのアクセスを提供しています。以下に列挙されるデータ、コンテンツ、サービスに関するすべての著作権と知的財産権は、それぞれの元のソースと所有者に帰属します。ToolUniverse は統合プラットフォームとしてのみ動作し、これらの外部リソースの正確性、完全性、継続的な利用可能性について一切責任を負いません。

ToolUniverse は、科学リソースの包括的なエコシステムへのアクセスを提供します。

生物学的データベースおよび生物学的基盤モデル

• UniProt - 完全なタンパク質知識データベース
• Ensembl - ゲノムデータとアノテーション
• RCSB PDB - タンパク質構造データベース
• ChEMBL - 生物活性分子および創薬データベース
• NCBI データベース - GenBank、RefSeq、SNP データベース
• Gene Ontology - 生物学的プロセス、機能、および位置に関するアノテーション
• ESM - タンパク質言語モデル
• TranscriptFormer - 単一細胞基盤モデル

化学物質および医薬品データベース

• PubChem - 化学構造および生物学的活性
• DrugBank - 医薬品および創薬ターゲットデータベース
• ChEMBL - 生物活性を持つ薬剤類似性の低分子化合物
• FDA データベース - 医薬品承認、医薬品処方情報、有害事象、医薬品の適応症および禁忌、薬物相互作用
• ClinicalTrials.gov - 臨床試験情報

文献とナレッジベース

• PubMed - 生物医学文献データベース
• Semantic Scholar - AI を活用した文献分析
• Europe PMC - オープンアクセスの生物医学文献
• OpenAlex - 学術情報の包括的なデータベース
• Crossref - DOI 登録とメタデータ
• OpenTargets - 系統的な薬剤標的選択のための洞察

ゲノムおよび健康データ

• GTEx - 組織特異的な遺伝子発現
• GWAS Catalog - ゲノム全体の関連性調査
• ClinVar - 遺伝子変異と疾患の関係
• OMIM - ヒトの遺伝性疾患とそれに関連する遺伝子・バリアントのデータベース
• TCGA - がんゲノムデータ

研究ツールおよび API

• OpenTargets - 標的分子と疾患の関連性
• STRING - タンパク質間相互作用ネットワーク
• KEGG - 経路および疾患情報
• Reactome - 生物学的経路データベース
• InterPro - タンパク質ファミリーとドメイン

AI モデル、AI エージェント、基盤および生成モデル、可視化および科学ワークフロー

• AlphaFold - タンパク質構造予測
• BLAST - 配列類似性検索
• ADMET-AI - 薬物特性予測モデル
• ChemTools - 化学情報学ユーティリティ
• 可視化ツール - 分子およびデータの可視化

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ToolUniverse 統合の使用対象ユーザー

研究科学者および学術関係者

仮説生成の加速、文献レビューの自動化、複雑な複数データベース分析の実行、そして新興の実験プラットフォームやAIと人間の協働プラットフォームへ研究能力を拡張します。

製薬会社およびバイオテクノロジー企業

医薬品開発パイプラインの効率化、標的分子の同定強化、化合物の設計と最適化の改善、仮想薬物スクリーニングを実現し、レポート生成と標的分子の評価、リスク低減・検証を加速します。

医療機関

精密医療の取り組みの強化、患者選択による臨床試験の設計と最適化、ゲノム薬理学リサーチの促進、患者層別化戦略の改善、マルチモーダル医療データセットから予後および予測バイオマーカーの抽出を支援します。

データサイエンティスト、機械学習エンジニア、プラットフォームおよびインフラストラクチャエンジニア

カスタム開発を必要としないドメイン特化型ツールへのアクセス、科学分野向けAIエージェントの迅速なプロトタイピング、科学データの機械学習ワークフローへの統合を実現します。

政府機関および規制当局

規制判断の強化、有害事象分析の改善、医薬品承認プロセスの迅速化、包括的な安全性監視を提供します。

ToolUniverse 統合を利用できるユーザー

ToolUniverse は、Apache License 2.0 の下で提供されるオープンソースであり、すべての機能を無料で利用できます。ソースコードは、GitHub で公開されています。

統合へのアクセス方法の詳細は、ToolUniverse の MCP サーバードキュメントで確認できます。

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ToolUniverse 統合の設定

ToolUniverse 統合は、Claude デスクトップアプリ（こちらからダウンロード）のデスクトップ拡張機能として利用できます。組織所有者（Team と Enterprise plan）の場合、統合の設定には組織内で拡張機能を利用可能にする作業が含まれます。個人ユーザーの場合、統合の設定には Claude デスクトップアプリ内から拡張機能をインストールする作業が含まれます。

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組織オーナー（Team および Enterprise ユーザー）向け

組織でデスクトップ拡張機能の許可リストを使用している場合（ユーザーがアクセスできるデスクトップ拡張機能の制限など）

1. 管理設定＞コネクタに移動する
2. 上部の「デスクトップ」タブをクリックする
3. 「許可リスト」がオンになっていることを確認する
4. 「参照」ボタンをクリックする
5. 検索フィールドに「ToolUniverse」と入力する
6. ToolUniverse をクリックする
7. 「チームに追加」をクリックする
8. チームメンバーに、以下の「Claude 個人ユーザー向け」手順に従い、Claude デスクトップアプリをダウンロードして統合を利用するように指示します。

組織でデスクトップ拡張機能の許可リストを使用していない場合（ユーザーがアクセスできるデスクトップ拡張機能を制限しない設定など）

1. 管理設定＞コネクタに移動する
2. 上部の「デスクトップ」タブをクリックする
3. 「許可リスト」がオフになっていることを確認する
4. 許可リストがオフになっている場合、組織内のすべてのユーザーは、以下の「Claude 個人ユーザー向け」手順に従ってデスクトップ拡張機能ディレクトリにアクセスできるようになります。

Claude 個人ユーザー向け

1. Claude デスクトップアプリをダウンロードする
2. Claude デスクトップアプリで、設定＞拡張機能に移動する
3. 「拡張機能を参照」をクリックする
4. 「ToolUniverse」をクリックする
5. 「インストール」をクリックする

ディレクトリからのデスクトップ拡張機能のインストール方法についてご確認ください。

Claude Code ユーザー向け

1. コマンド：/plugin marketplace add Anthropics/Life-Sciences
2. コマンド：/plugin install tool-universe@life-sciences
3. Claude Code を再起動する
4. サーバーが /mcp と接続されていることを確認する

ToolUniverse 統合の技術的な詳細は、ToolUniverse の MCP サーバードキュメントで確認できます。

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Example use cases

創薬と治療法開発

• 治療法発見と標的から候補化合物へのワークフロー
• プロンプト例：「高コレステロール血症の標的分子を特定し、OpenTargets と文献からのエビデンスに基づいて優先順位を付けてください。その後、既知の薬剤および類似化合物を選別し、予測される結合親和性とADMET特性のトレードオフに基づき候補をランク付けしてください。中間的なエビデンスと最終的な候補リストを提供してください」
• ワークフロー：ToolUniverse を活用した AI 科学者：
  
  • OpenTargets API を使用して疾患と標的分子の関連性をクエリ
  • RCSB PDB からタンパク質構造を取得
  • ChEMBL 化合物データで分子間相互作用を分析
  • 統合された ML モデルを使用して結合親和性を予測
  • 治療法開発のための研究仮説を生成

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ヒト遺伝学およびゲノム研究

• ヒト遺伝学からメカニズムへ（バリアントから遺伝子への経路）
• プロンプト例：「2 型糖尿病の GWAS ヒットから、変異体を候補遺伝子にマッピングし、機能アノテーションと組織特異的発現を要約し、支持文献と一次資料へのリンクを伴うエンリッチされた経路を返してください」
• ワークフロー：ToolUniverse を活用した AI 科学者：
  
  • GWAS カタログを検索して疾患に関連する遺伝子変異を検索
  • Ensembl および NCBI データベースを使用して、SNP を遺伝子にマッピング
  • Gene Ontology から機能アノテーションを取得
  • GTEx データを使用して組織特異的発現を分析
  • KEGG および Reactome を使用して生物学的な経路を特定

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文献とマルチモーダルエビデンスの統合

• プロンプト例：「PubMed および Europe PMC を検索して最近の CRISPR のオフターゲット検出方法を検索し、主要な実験設定と報告された失敗モードを抽出し、引用元を含む構造化された比較表を生成してください」
• ワークフロー：ToolUniverse を活用した AI 科学者：
  
  • 複数データベースの文献検索（PubMed、Europe PMC、bioRxiv）
  • 論文の自動要約および主要知見の抽出
  • Semantic Scholar を使用した引用ネットワーク分析
  • 時系列分析によるトレンドの特定
  • ClinicalTrials.gov の臨床試験データとの相互参照

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化学物質および分子分析

• プロンプト例：「ToolUniverse の OpenFDA および ADMET-AI ツールを使用して、FDA 承認済みの高血圧治療薬の分子特性を分析し、その ADMET プロファイルを予測し、潜在的な副作用パターンを特定してください」
• ワークフロー：ToolUniverse を活用した AI 科学者：
  
  • 承認薬について FDA の医薬品データベースにクエリ
  • 分子記述子と特性の計算
  • ADMET-AI モデルを使用して薬物動態プロファイルを予測
  • 構造活性相関の分析
  • 潜在的な薬剤リポジショニングの機会を特定

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科学的発見とマルチツール研究のための自動化

• プロンプト例：「複数の文献検索を並行して実行し、結果を統合し、再現可能なレポートを生成する再利用可能なワークフローを構築してください。明確な入力と出力を含む構成済みツールとしてワークフローを返してください。ToolUniverse の UniProt、PRIDE、KEGG パスウェイツールを使用して、質量分析データを用いたタンパク質同定から機能解析、パスウェイマッピングにに至るまでの完全なプロテオミクスワークフローを設計してください」
• ワークフロー：ToolUniverse を活用した AI 科学者：
  
  • マルチモーダルプロテオミクスデータベース（UniProt、PRIDE）の統合
  • プロテオミクス測定データの処理と品質管理の自動化
  • タンパク質機能の注釈付与と経路解析の実施
  • 統計解析の完了とインタラクティブな可視化の生成
  • 要約を含むレポートの生成

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デモおよびドキュメント

ライブデモ

• インタラクティブなウェブプラットフォーム：AIScientist.Tools - 700 以上の科学ツールを探索するためのライブツールの発見と実行インターフェイス
• ビデオデモ：YouTube で視聴可能
• GitHub リポジトリ：GitHub 上の ToolUniverse - 797 以上の スターを獲得した完全なソースコード、ドキュメント、コミュニティ

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ドキュメントとチュートリアル

インストール方法、使用方法、高度な機能に関するドキュメントは、ToolUniverse ドキュメントでご覧ください。5 分でセットアップが完了し、すぐに科学ツールを試せるクイックスタートチュートリアルや、大規模言語モデル、AI エージェント、推論モデルとの連携ガイドも含まれています。

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コミュニティリソース

Slack Community を通じてコミュニティリソースにアクセスし、ピアサポートとコラボレーションを利用できます。また、GitHub Issues 利用してバグの報告や機能のリクエストが行えます。