Une compétence unique qui fournit un accès complet à l'analyse monocellulaire basée sur l'apprentissage profond à l'aide de scvi-tools et de l'écosystème scVerse, couvrant l'intégration de lots (scVI, scArches), l'annotation de type de cellule (SCANVI, CellAssign), la déconvolution transcriptomique spatiale (DestVI, Tangram, cell2location, Stereoscope), l'analyse d'accessibilité à la chromatine (PeakVI, scBasset), l'intégration de données multimodales (TotalVI for CITE-seq, MultiVI for RNA+ATAC) et l'analyse des perturbations (contrastiveVI). Chaque compétence fournit des flux de travail étape par étape, des conseils de réglage des paramètres et du dépannage pour son modèle scvi-tools respectif.
Cette compétence est conçue pour les scientifiques qui analysent des données unicellulaires, notamment spatiales, épigénétiques et scRNA, et qui souhaitent tirer parti des méthodes d'apprentissage profond à partir d'outils scvi sans avoir à lire une documentation détaillée, ce qui est particulièrement utile pour les chercheurs travaillant avec des expériences multilots, des essais multimodaux (CITE-seq, multiome), de transcriptomique spatiale ou de scATAC-seq qui ont besoin de conseils sur la sélection de modèles, l'ajustement des paramètres et les bonnes pratiques.
Commande
/plugin marketplace add anthropics/life-sciences
/plugin install scvi-tools@life-sciences
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