Verwenden der ToolUniverse-Erweiterung in Claude

Mit ToolUniverse MCP kann Claude auf eine Bibliothek mit über 600 überprüften wissenschaftlichen Tools zugreifen, um große Hypothesen-Lücken zu untersuchen, konkurrierende Hypothesen zu vergleichen und schnelle bis langsame Analysezyklen zu durchlaufen. In diesem Artikel wird erläutert, wie die ToolUniverse-Integration mit Claude eingerichtet und verwendet wird.

Die ToolUniverse-Integration ist als Desktop-Erweiterung in der Claude-Desktop-App verfügbar (hier herunterladen). Sie beruht auf der Fähigkeit von Claude, lokale Connectors über eine Desktop-Erweiterung zu verwenden.

Über die ToolUniverse-Integration

ToolUniverse ist ein Ökosystem für die Entwicklung von KI-Wissenschaftlern und KI-Agenten für die Wissenschaft, die mit Forschern zusammenarbeiten, um Hypothesen zu generieren, sie in ausführbare Forschungspläne umzuwandeln, wissenschaftliche Tools auszuführen und Analysen kontinuierlich zu aktualisieren. Es zielt auf Forschung in großem Maßstab ab, um wissenschaftliche Entdeckungen neu zu gestalten: KI-Wissenschaftler untersuchen große Hypothesen-Lücke, vergleichen konkurrierende Hypothesen und führen schnelle bis langsame Analysezyklen durch, anstatt einmalige Zusammenfassungen zu erstellen.

ToolUniverse standardisiert die Nutzung von Tools. Damit können KI-Wissenschaftler Tools über lokale Python-Funktionen und über MCP bereitgestellte Remote-Dienste erkennen und ausführen. Dank dieses Designs können Sie jeden Schritt überprüfen: KI-Wissenschaftler erstellen End-to-End-Workflows, die Datensätze, Modelle und Analysepipelines miteinander verbinden und Eingaben und Ausgaben aufzeichnen, bevor sie die nächste Aktion auswählen. In der Zusammenarbeit zwischen Mensch und KI unterstützt ToolUniverse eine kontinuierliche Schleife aus Hypothesenerstellung, Tools-Aufrufen zur Suche nach Informationen, Ausführung von Forschungszielen und Verfeinerung interner Modelle, da neue experimentelle Daten eintreffen und Erkenntnisse generiert werden.

In dieser Integration verfügbare Datensätze und Dienste

Hinweis von ToolUniverse: ToolUniverse bietet Zugriff auf wissenschaftliche Datenbanken und Dienste von Drittanbietern. Alle Urheberrechte und Rechte an geistigem Eigentum für die unten aufgeführten Daten, Inhalte und Dienste gehören den jeweiligen ursprünglichen Quellen und Inhabern. ToolUniverse fungiert ausschließlich als Integrationsplattform und übernimmt keine Verantwortung für die Genauigkeit, Vollständigkeit oder kontinuierliche Verfügbarkeit dieser externen Ressourcen.

ToolUniverse bietet Zugriff auf ein umfassendes Ökosystem wissenschaftlicher Ressourcen:

Biologische Datenbanken und biologische Grundlagenmodelle

• UniProt – Vollständige Protein-Wissensdatenbank
• Ensembl – Genomische Daten und Anmerkungen
• RCSB PDB – Proteinstrukturdatenbank
• ChEMBL – Datenbank für bioaktive Moleküle und Arzneimittelentdeckung
• NCBI-Datenbanken – GenBank, RefSeq, SNP-Datenbank
• Genontologie – Anmerkungen zu biologischen Prozessen, Funktionen und Standorten
• ESM – Protein-Sprachmodelle
• TranscriptFormer – Grundlagenmodelle für Einzelzellen

Chemikalien- und Arzneimitteldatenbanken

• PubChem – Chemische Strukturen und biologische Aktivitäten
• DrugBank – Datenbank für Arzneimittel und Arzneimittelziel
• ChEMBL – Bioaktive arzneimittelähnliche kleine Moleküle
• FDA-Datenbanken – Arzneimittelzulassung, Informationen zur Verschreibung von Arzneimitteln, unerwünschte Ereignisse, Arzneimittelindikationen und Kontraindikationen, Arzneimittelwechselwirkungen
• ClinicalTrials.gov – Informationen zu klinischen Studien

Literatur und Wissensbasen

• PubMed - Datenbank für biomedizinische Literatur
• Semantic Scholar – KI-gestützte Literaturanalyse
• Europa PMC – Biomedizinische Literatur mit Open-Access
• OpenAlex – Umfassende Datenbank mit wissenschaftlichen Arbeiten
• Crossref – DOI-Registrierung und Metadaten
• OpenTargets – Erkenntnisse für die systematische Auswahl von Arzneimittelzielen

Genom- und Gesundheitsdaten

• GTEx – Gewebespezifische Genexpression
• GWAS Catalog – Genomweite Assoziationsstudien
• ClinVar – Genetische Variation und Krankheitszusammenhänge
• OMIM – Online-Mendelische Vererbung im Menschen
• TCGA - Krebsgenomdaten

Forschungstools und APIs

• OpenTargets – Ziel-Krankheit-Assoziationen
• STRING – Protein-Protein-Interaktionsnetzwerke
• KEGG – Krankheitsablauf und Informationen zur Krankheit
• Reactome – Datenbank für biologische Signalwege
• InterPro - Proteinfamilien und -domains

KI-Modelle, KI-Agenten, Foundation-Modelle, generative Modelle, Visualisierungen und wissenschaftliche Workflows

• AlphaFold – Proteinstrukturvorhersage
• BLAST – Sequenz-Ähnlichkeitssuche
• ADMET-AI – Vorhersagemodelle für Arzneimitteleigenschaften
• ChemTools – Dienstprogramme für chemische Informatik
• Visualisierungstools: Molekül- und Datenvisualisierung

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Wer die ToolUniverse-Integration verwenden sollte

Forschung und Wissenschaftler

Beschleunigen Sie die Hypothesenerstellung, automatisieren Sie Literaturüberprüfungen, führen Sie komplexe Multi-Datenbank-Analysen durch und skalieren Sie die Recherche-Funktionen auf neue experimentelle und KI-Plattformen für die Zusammenarbeit zwischen Menschen.

Pharma- und Biotech-Unternehmen

Optimieren Sie die Arzneimittelentwicklungspipelines, verbessern Sie die Zielidentifizierung, verbessern Sie das Design und die Optimierung von Wirkstoffen, virtuelles Arzneimittelscreening und beschleunigen Sie die Berichtserstellung und Zielbewertung, Risikominimierung und Validierung.

Organisationen im Gesundheitswesen

Initiativen für Präzisionsmedizin unterstützen, das Design und die Optimierung klinischer Studien mit Patientenauswahl unterstützen, die Pharmakogenomik-Forschung erleichtern und Patientenstratifizierungsstrategien verbessern, Prognose- und prädiktive Biomarker aus multimodalen Gesundheitsdatasets extrahieren.

Data Scientist, ML-Engineer, Plattform- und Infrastruktur-Engineers

Zugriff auf branchenspezifische Tools ohne benutzerdefinierte Entwicklung, schnelles Prototyping von KI-Agenten für die Wissenschaft und Integration wissenschaftlicher Daten in ML-Workflows.

Regierungen und Regulierungsbehörden

Verbesserte behördliche Entscheidungsfindung, verbesserte Analyse unerwünschter Ereignisse, beschleunigte Arzneimittelzulassungsprozesse und umfassende Sicherheitsüberwachung.

Wer kann auf die ToolUniverse-Integration zugreifen?

ToolUniverse ist Open Source unter der Apache-Lizenz 2.0. Dies ermöglicht kostenlosen Zugriff auf alle Funktionen in ToolUniverse. Der Quellcode ist auf GitHub verfügbar.

Weitere Informationen zum Zugriff auf die Integration finden Sie in der MCP-Server-Dokumentation von ToolUniverse.

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Einrichtung der ToolUniverse-Integration

Die ToolUniverse-Integration ist als Desktop-Erweiterung in der Claude-Desktop-App verfügbar (hier herunterladen). Für Unternehmensinhaber (Team und Unternehmen) muss die Erweiterung für Ihr Unternehmen zur Verfügung gestellt werden. Für einzelne Benutzer müssen die Erweiterung über die Claude-Desktop-App einrichten.

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Für Unternehmensinhaber (Team und Unternehmen)

Wenn Ihr Unternehmen die Zulassungsliste für Desktop-Erweiterungen verwendet (d. h. einschränkt, auf welche Desktop-Erweiterungen Benutzer zugreifen können) …

1. Navigieren Sie zu Administrator-Einstellungen > Konnektoren
2. Klicken Sie oben auf die Registerkarte „Desktop“
3. Bestätigen Sie, dass „Allowlist“ aktiviert ist
4. Klicken Sie auf die Schaltfläche „Durchsuchen“
5. Geben Sie in das Suchfeld „ToolUniverse“ ein
6. Klicken Sie auf ToolUniverse
7. Klicken Sie auf „Zu Ihrem Team hinzufügen“
8. Weisen Sie Ihr Team an, die Claude-Desktop-App herunterzuladen, um auf die Integration zuzugreifen. Befolgen Sie dazu die folgenden Anweisungen für einzelne Claude-Benutzer

Wenn Ihr Unternehmen die Zulassungsliste für Desktop-Erweiterungen nicht verwendet (d. h. nicht einschränkt, auf welche Desktop-Erweiterungen Benutzer zugreifen können) …

1. Navigieren Sie zu Administrator-Einstellungen > Konnektoren
2. Klicken Sie oben auf die Registerkarte „Desktop“
3. Bestätigen Sie, dass „Allowlist“ deaktiviert ist
4. Wenn die Zulassungsliste deaktiviert ist, können alle Benutzer in Ihrem Unternehmen bereits auf das Desktop-Extension-Verzeichnis zugreifen. Hierzu folgen die folgenden Anweisungen für einzelne Claude-Benutzer

Für einzelne Claude-Benutzer

1. Claude Desktop-App herunterladen
2. Navigieren Sie in der Claude-Desktop-App zu Einstellungen > Erweiterungen
3. Klicken Sie auf „Erweiterungen durchsuchen“
4. Klicken Sie auf „ToolUniverse“
5. Klicken Sie auf „Installieren“

Erfahren Sie mehr über die Installation von Desktop-Erweiterungen aus dem Verzeichnis.

Für Benutzer von Claude Code

1. Befehl: /plugin marketplace add anthropics/life-sciences
2. Befehl: /plugin install tool-universe@life-sciences
3. Claude Code neu starten
4. Stellen Sie sicher, dass der Server mit /mcp verbunden ist

Technische Details zur ToolUniverse-Integration finden Sie in der MCP-Serverdokumentation von ToolUniverse.

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Anwendungsfälle

Arzneimittelentdeckung und Therapeutikentwicklung

• Therapieerkennung und Workflows zur Ziel-zu-Kandidaten
• Beispiel-Prompt: „Identifizieren Sie Ziele für Hypercholesterinämie, priorisieren Sie ein Ziel anhand von Nachweisen aus OpenTargets und der Literatur, überprüfen Sie dann bekannte Medikamente und schließen Sie Analoga ab. Kandidaten werden nach vorhersagter Bindung und ADMET-Kompromisse eingestuft. Stellen Sie Zwischennachweise und eine endgültige Auswahlliste bereit.“
• Workflow: ToolUniverse-gestützte KI-Wissenschaftler:
  
  • Abfrage von Krankheits-Ziel-Zuordnungen mit OpenTargets API
  • Abrufen von Proteinstrukturen aus RCSB PDB
  • Analyse von molekularen Wechselwirkungen mit ChEMBL-Verbindungsdaten
  • Vorhersage von Bindungsaffinitäten mit integrierten ML-Modellen
  • Generieren von Forschungshypothesen für die Entwicklung von Therapien

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Humangenetik- und Genomforschung

• Humangenetik zum Mechanismus (Variante-zu-Gen-zu-Weg)
• Beispiel-Prompt: „Von GWAS-Treffern für Typ-2-Diabetes weisen Varianten Kandidatengene zu, fassen funktionale Anmerkungen und Gewebeexpression zusammen und geben angereicherte Pfade mit unterstützenden Referenzen und Links zu Primärquellen zurück.“
• Workflow: ToolUniverse-gestützte KI-Wissenschaftler:
  
  • GWAS-Katalog nach krankheitsassoziierten genetischen Varianten durchsuchen
  • Zuordnen von SNPs mit Ensembl- und NCBI-Datenbanken Genen zu.
  • Abrufen funktionaler Anmerkungen aus Genontologie
  • Analyse der gewebespezifischen Expression mit GTEx-Daten
  • Identifizierung biologischer Pfade mit KEGG und Reactome

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Literatur und multimodale Nachweissynthese

• Beispiel-Prompt: „Durchsuchen Sie PubMed und Europe PMC nach aktuellen CRISPR-Off-Target-Erkennungsmethoden, extrahieren Sie wichtige experimentelle Einstellungen und gemeldete Fehlermodi und erstellen Sie eine strukturierte Vergleichstabelle mit Zitaten.“
• Workflow: ToolUniverse-gestützte KI-Wissenschaftler:
  
  • Literatursuche in mehreren Datenbanken (PubMed, Europe PMC, bioRxiv)
  • Automatisierte Papierzusammenfassung und Extraktion wichtiger Ergebnisse
  • Zitationsnetzwerkanalyse mit Semantic Scholar
  • Trenderkennung durch zeitliche Analyse
  • Kreuzverweis mit klinischen Studiendaten von ClinicalTrials.gov

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Chemische und molekulare Analyse

• Beispiel-Prompt: „Analysieren Sie mit den OpenFDA- und ADMET-AI-Tools von ToolUniverse die molekularen Eigenschaften von von FDA-zugelassenen Arzneimitteln gegen Bluthochdruck, sagen Sie ihre ADMET-Profile vor und identifizieren Sie potenzielle Nebenwirkungsmuster.“
• Workflow: ToolUniverse-gestützte KI-Wissenschaftler:
  
  • Abfrage von FDA-Arzneimitteldatenbanken nach zugelassenen Medikamenten
  • Berechnen Sie molekulare Deskriptoren und Eigenschaften
  • Vorhersage von pharmakokinetischen Profilen mit ADMET-AI-Modellen
  • Analyse von Struktur-Aktivitäts-Beziehungen
  • Identifizierung potenzieller Möglichkeiten zur Umwidmung von Medikamenten

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Wissenschaftliche Entdeckung und Automatisierung für Multi-Tool-Studien

• Beispiel-Prompt: „Erstellen Sie einen wiederverwendbaren Workflow, der mehrere Literatursuchen parallel durchführt, die Ergebnisse konsolidiert und einen reproduzierbaren Bericht erzeugt. Geben Sie den Workflow als ein zusammengestelltes Tool mit klaren Eingaben und Ausgaben zurück. Entwerfen Sie mit den Pathway-Tools UniProt, PRIDE und KEGG von ToolUniverse einen vollständigen Proteomik-Workflow: von der Proteinidentifizierung mit Massenspektrometriedaten über Funktionsanalyse bis hin zur Path-Mapping.“
• Workflow: ToolUniverse-gestützte KI-Wissenschaftler:
  
  • Integration multimodaler Proteomik-Datenbanken (UniProt, PRIDE)
  • Automatisierung der Datenverarbeitung und Qualitätskontrolle von Proteomik-Auslesungen
  • Proteinfunktionen kommentieren und Pfadanalyse durchführen
  • Statistische Analysen abschließen und interaktive Visualisierungen erstellen
  • Berichte mit Zusammenfassungen erstellen

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Demos und Dokumentation

Live-Demonstrationen

• Interaktive Webplattform: AIScientist.Tools – Live-Tool-Erkennung und Ausführungsoberfläche zur Untersuchung von über 700 wissenschaftlichen Tools
• Video-Demonstrationen: Auf YouTube verfügbar
• GitHub Repository: ToolUniverse auf GitHub: Vollständiger Quellcode, Dokumentation und Community mit über 797 Sternen

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Dokumentation und Tutorials

Unter ToolUniverse ist eine Dokumentation zu Installation, Nutzung und erweiterten Funktionen verfügbar. Dazu gehört ein Schnellstart-Tutorial für die 5-minütige Einrichtung und sofortiges Experimentieren mit wissenschaftlichen Tools sowie Anleitungen zur Integration mit großen Sprachmodellen, KI-Agenten und Argumentationsmodellen.

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Community-Ressourcen

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