scvi-tools および scVerse のエコシステムを活用した、深層学習ベースの単一細胞解析を包括的に提供する単一スキルです。バッチ統合(scVI、scArches)、細胞タイプアノテーション(SCANVI、CellAssign)、空間トランスクリプトミクス分解(DestVI、Tangram、cell2location、Stereoscope)、クロマチンのアクセシビリティ分析(PeakVI、scBasset)、マルチモーダルデータ統合(CITE-seq 用 TotalVI、RNA+ATAC 用 MultiVI)、摂動分析(contrastiveVI)を網羅しています。各スキルでは、対応する scvi-tools モデルごとに、ステップバイステップのワークフロー、パラメータ調整のガイダンス、およびトラブルシューティングを提供します。
このスキルは、単一細胞解析(空間解析、エピジェネティクス解析、単一細胞RNAシーケンスなど)を行う科学者向けに設計されており、scvi-toolsの深層学習手法を活用するために、膨大なドキュメントを読み込む必要はありません。特に、複数バッチ実験、マルチモーダルアッセイ(CITE-seq、マルチオーム)、空間トランスクリプトミクス、または scATAC-seq を扱う研究者にとって有用であり、モデル選択、パラメータ調整、ベストプラクティスに関するガイダンスが必要な場合に最適です。
コマンド
/plugin marketplace add anthropics/life-sciences
/plugin install scvi-tools@life-sciences
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